Med henblik på at øge trafikkapaciteten og forbedre sikkerheden for cyklisterne i Nørreportkrydset, forberedes krydset for at den østlige cykelsti kan føres under Nørreportkrydset i en dobbeltrettet cykeltunnel. Tunnelen, der leder de "bløde" trafikanter under krydset, give en øget trafiksikkerhed i forhold til en cykelsti i niveau med trafikanter og fremtidig letbanetog. Endvidere giver cykeltunnelen øget frihedsgrad i forhold til trafikafviklingen i Nørreportkrydset.
På nuværende tidspunkt er alene anlagt en tunnel under Nørreportkrydset. Tilstødende ramper til cykeltunnelen anlægges først, når arealerne omkring Nørreport frigøres for havneformål og overgår til kommunen.